Die Organisation der Stadtverwaltung Zug ist in zwei Ebenen unterteilt: den Departementen (zum Beispiel: Baudepartement) und den Abteilungen (zum Beispiel: Soziale Dienste oder Städtebau). Jedes Departement wird von einer Stadträtin oder einem Stadtrat geleitet. Die organisatorische und administrative Leitung eines Departementes liegt bei den Departementssekretären oder den Departementssekretärinnen.